Les grands moyens contre les épidémies nosocomiales

Depuis quelques années, les infections nosocomiales à bactéries multirésistantes (BMR) inquiètent les responsables de la santé publique de nombreux pays, dont la France. Pour des médecins américains, la maîtrise de ce type d’épidémie passerait par une technique innovante et « ultramoderne » : le séquençage du génome des bactéries. Autrement dit, l’analyse détaillée de leur ADN. Ils ont testé « grandeur nature » leur stratégie. Les résultats apparaissent prometteurs.

En 2011, une épidémie à Klebsiella pneumoniae a tué 10 patients – sur 17 infectés – en quelques semaines, dans un hôpital new yorkais. Sitôt les premiers cas signalés, les traditionnelles mesures de contrôle (isolement des patients, étude de la localisation des lits…) « n’ont fourni aucun indice sur la manière dont se propageait la bactérie », explique le Dr Tara Palmore des National Institutes of Health (NIH).

Une équipe de chercheurs dirigée par le Dr Evan Snitkin du National Human Genome Institute de Bethesda (Maryland), a tenté une approche innovante : le séquençage du génome entier de la bactérie. Laquelle a été prélevée sur chacun des patients.

Retracer le parcours de la bactérie

L’objectif était de mettre en évidence les changements survenus au niveau de l’ADN de la bactérie, à mesure qu’elle se multipliait. Dans le cas présent, les scientifiques sont parvenus à mettre en évidence « quelques uns des 6 millions de nucléotides du génome de K. pneumonae (qui) changent ».

Au terme de ce travail minutieux, ils sont ainsi remontés à la première victime. Il s’agissait d’un homme de 43 ans, qui avait quitté l’hôpital trois semaines plus tôt. Ensuite, ils ont reconstitué le « parcours » de la bactérie, d’un malade à un autre. Les chercheurs ont même lié l’une des infections à la contamination d’un ventilateur qui avait été nettoyé. Selon eux, à l’avenir, « le séquençage de génome en temps réel de ce type de bactérie pourrait devenir un outil de choix pour améliorer le contrôle des épidémies nosocomiales ».

 

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